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1.兩罪的犯罪客體不同，前者的犯罪客體是國家對合同的監管制度和公私財產權，而后者的犯罪客體是國家機關正常的管理活動和國家機關的信譽。

2.兩罪的犯罪客觀方面不同，前者是在簽訂履行合同中采取隱瞞事實、虛構真相的欺騙行為，而后者的客觀方面表現為偽造、變造、非法買賣國家機關的公文、證件、印章的行為。

3.兩罪的犯罪主體不同，前者的犯罪主體既可以是自然人，也可以是單位，而后者的犯罪主體是一般主體，是已滿16周歲具有刑事責任能力的自然人。

4.兩罪的犯罪目的不同，前者的犯罪目的是為了利用合同詐騙財物，后者的犯罪目的是為了非法獲得國家機關的公文、證件、印章以利其他犯罪(不一定是為了詐騙財物)。在司法實踐中，常有行為人為了實現詐騙財物的目的而采取偽造、變造、買賣國家機關公文、證件、印章手段來進行犯罪的情況，這屬于刑法理論上所說的牽連犯。本人認為：當偽造、變造、買賣國家機關公文、證件、印章等行為已經完成，但合同詐騙行為尚處于準備階段或者剛開始實施即被發覺，合同詐騙罪的性質和危害尚未充分地顯示出來，合同詐騙犯罪的證據還不夠充分時，對于此種情況，按照既遂行為吸收未遂行為的原則，以偽造、變造、買賣國家機關公文、證件、印章罪論處較為合適;如果行為人的合同詐騙行為已經終了，只是由于意志以外的原因，沒有騙到財物或者沒有騙到主觀上所希望騙取的數額較大的財物，就應當適用重行為吸收輕行為的原則，以合同詐騙罪的未遂論處。